El Hospital coordina su quehacer, mediante Subdirecciones y Centros de Responsabilidad, que tienen diferentes funciones.

Centro de Responsabilidad Área Crítica: Reúne a Servicios tales como Urgencia, UTI pediátrica, UTI neonatal y UTI adultos, los cuales actúan en la recuperación de los pacientes más severos.

Centro de Responsabilidad Clínico Quirúrgico: Es integrado por los Servicios Pabellón, Cirugía Adulto, Cirugía Infantil, Traumatología, Ginecología y Obstetricia, Oftalmología y Otorrinolaringología, que se unen por el Servicio de Pabellón, que pueden usar para intervenir quirúrgicamente a sus pacientes.

Centro de Responsabilidad Médico Clínico: Formado por el Consultorio Adosado de Especialidades, Nefrología Infantil, Cardiología, Unidad de Medicina Física y Rehabilitación, Urología, Dermatología, Servicio de Pensionado, Pediatría y Neonatología, Medicina, Unidad de hospitalización cuidados intensivos Psiquiatría Adultos, Unidad de hospitalización cuidados intensivos Psiquiatría Infantil,  Psiquiatría, Psiquiatría Infantoadolescente, Unidad de Neurología, Pensionado; todos Servicios y Unidades que brindan específicamente prestaciones clínicas sin derivación quirúrgica, excepto Pensionado.

Centro de Responsabilidad Gestión y Desarrollo de las Personas: Está compuesto por Unidad de Prevención de Riesgos, Bienestar, Salud Funcionaria, Sala Cuna, Remuneraciones, Capacitación, Personal y Unidad de Ciclo de vida laboral.

Centro de Apoyo Clínico, Terapéutico y Logístico: Corresponde a Servicios que, como su nombre lo indica, son fundamentales en el desarrollo de las funciones de otros. En este grupo están Servicio de Especialidades Odontológicas, Unidad de Anatomía Patológica, Imagenología, Laboratorio y Unidad de Medicina Transfusional, Farmacia, Alimentación, Esterilización, SAU, Oirs, Logística, Estadística, Control de Gestión y Finanzas. Todos dependen de la Subdirección Administrativa del establecimiento.

También, existen unidades que tienen gran responsabilidad en facetas específicas del establecimiento. Estas Unidades son GRD, Oficina de Partes, Oficina de Calidad y Seguridad del Paciente, Infecciones Asociadas a Atención en salud, Unidad de Producción y GES, Telemedicina, Gestión de Camas, Gestión del Cuidado de Matronería, Unidad de Comunicaciones, Relación Asistencial-Docente, Jurídica y Auditoría.